После прошлогоднего фиаско, Джим Кларк был решительно настроен в 1963 году дать бой новому чемпиону мира Грэму Хиллу. Построенный Колином Чэпменом Lotus 25 уже избавился от "детских болезней", а скорость продемонстрированная шотландцем в минувшем сезоне не оставляла сомнений что Джим будет в числе главных претендентов на титул. И в первой гонке сезона в Монако Кларк стартовал с поула, но в лидеры вышел только на 18м круге, когда обошел Хилла. Одержимый мыслями об удачном начале сезона, он мчался к победе. Однако на 78м круге из 100, заклинившая коробка передач вывела Кларка из борьбы. Победа досталась Хиллу. Расстроившись, шотландец отправился за океан покорять Америка, где на гонке "500 миль Индианаполиса" занял 2е место.

Вторая гонка сезона проходила Гран-При Бельгии в Спа проходил под проливным дождем. Со старта Кларк провалился на 8е место, но уже по ходу круга вырвался в лидеры! На 14-километровой трассе Джим лидировал все 32 круга, опередив ближайшего из соперников почти на 5 минут. На следующей гонке в Голландии шотландец стартовал с поула и вновь оставался во главе пелетона на протяжении всей дистанции. Во французском Реймсе снова Кларк был неудержим. Старт гонки, по ошибке дали не национальным флагом, а красным полотенцем! Но такой конфуз никак не повлиял на лидера чемпионата, который оставаясь на первой позиции в гонке все 53 круга, установил рекорд по продолжительности лидирования в гонках.

Параллельно основному чемпионату, Кларк также принимал участие во внезачетных гонка, где тоже побеждал "гуляючи". На Гран-При Великобритании в Сильверстоуне оборвалась рекордная серия, состоящая из 165 кругов во главе пелетона. Первые три круга на первом месте держался двух кратный чемпион мира Джек Брэбэм. Но стоило на 4м круге Кларку выйти в лидеры, как он сразу ушел в отрыв и снова победил. В Германии на Нюрбургринге Джим взял очередную поул-позишн. Казалось, что уже здесь шотландец сможет оформить свое чемпионство, в чем уже мало кто сомневался. Старт выиграл Ричи Гинтер (BRM), а Кларк на старте откатился немного назад. На 2м круге американца опередил Джон Сертиз (Ferrari) и удерживал 1е место до 4го круга, когда Джим вернулся в борьбу за победу. Продолжительность круга старой версии Нюрбургринга составляла 22,8 км. Пролидировав 30 км Кларк перегрузил свой мотор. Проблемы с зажиганием отбросили его на 2е место, вслед за Сертизом и коронацию пришлось отложить до следующей гонки.

Трасса в Монце где проходил седьмой этап чемпионата, всегда являлась самой скоростной в календаре чемпионата и в 60е способствовала большому количеству обгонов. Так получилось и в этот раз. Хилл, Сертиз и Кларк по очереди лидировали в гонке до 26го круга из 86, пока на Ferrari не отказал двигатель. К двум британцам сзади подобрался Дэн Герни на Brabham. С 27го по 38й круг лидер менялся на каждом круге, причем, иногда не однократно. Затем Хилл и Кларк отодвинули выскочку-американца на 3е место, и повели борьбу между собой. Однако, на 46м круге, Дэн снова вышел на 1е место. Проблемы со сцеплением не позволили Грэму продолжать гнаться и вскоре он сошел. Джим продолжал соперничать с Герни до 56 круга, когда у того обнаружились проблемы со впрыском топлива. После этого путь к победе и первому чемпионству для Кларка стал беспрепятственным.

Гран-При США стала единственной гонкой в сезоне, когда Кларк не проехал на первой позиции хотя бы круг. Заглохнув на старте, Джим откатился на последнее место, а возникшие проблемы с аккумулятором, не позволили ему подняться выше 3го места. Зато в Мексике и ЮАР новый чемпион откатал в полную силу, возглавляя обе гонки от старта до финиша. Так "Летучий Шотландец" завоевал первое чемпионское звание для себя и кубок Конструкторов для своей команды Lotus.